Történetünk főszereplője a 14 éves Anna, aki előtt egyszer csak megjelenik egy maci, Pochitan méghozzá egy medállal, és ezen esemény következében Anna visszautazik az időben egészen 1999-be. Itt, a múltban találkozik Mikuruval, aki nyomozónő szeretne lenni.
Csakhogy történik egy incidens, amikor is a bizonyos Fantom Tolvajok ellopják valaki értékes tulajdonát, amit persze Anna és Mikuru nem hagyhatnak annyiban, így ők ketten lesznek szuper detektív Precure harcosok, hogy a bajbajutottakon segítsenek.